Desde el inicio de sus funciones, la Universidad Autónoma de Chiapas cuenta con un Comité Permanente de Finanzas integrado por cinco personas de reconocido prestigio y solvencia moral y económica, designados por la Junta de Gobierno y duran en su cargo cuatro años, sin percibir retribución o compensación alguna, el Comité a su vez cuenta para su funcionamiento con un (a) Coordinador (a) General de Finanzas, quien para sus funciones se auxilia con las direcciones de:

1.-Tesoreria Universitaria
2.-Control Interno de Control
3.-Contabilidad Universitaria
4.-De Patrimonio Universitario